在Debian系统上合并GIMP图层的步骤如下：

1. 打开GIMP：首先，打开GIMP应用程序。

2. 导入图层：

   • 点击菜单栏中的“文件”（File）。
   • 选择“打开”（Open），然后浏览到你的图像文件，选择它并点击“打开”。

3. 选择图层：

   • 在图层面板中，你会看到所有的图层。选择你想要合并的图层。

4. 合并图层：

   • 点击菜单栏中的“图层”（Layers）。
   • 选择“合并图层”（Merge Layers）选项。这会将选定的图层合并成一个单一的图层。

5. 保存图像：

   • 点击菜单栏中的“文件”（File）。
   • 选择“导出为”（Export As），然后选择你喜欢的文件格式和保存位置，点击“导出”（Export）完成保存。

请注意，GIMP的界面和操作方式与Adobe Photoshop有所不同，但基本的图层操作是类似的。如果你不熟悉GIMP的操作界面，可以参考一些在线教程或视频来学习更详细的步骤。