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Ubuntu Overlay并不能兼容所有软件。虽然Ubuntu具有较好的软件兼容性和稳定性，但并不能保证所有软件都能在Ubuntu Overlay上无缝运行。

1. 软件兼容性问题：部分Windows软件可能需要使用WINE等兼容层才能运行，而Ubuntu原生支持的软件相对有限。
2. 系统升级问题：用户反馈显示，Ubuntu的系统升级过程中常常会遇到问题，导致系统不稳定。
3. 特定漏洞：Ubuntu的overlayfs文件系统存在一些安全漏洞，影响其兼容性。

因此，如果您需要运行大量特定软件，建议考虑其他更适合的Linux发行版。